Para analisis microbiológico se necesita una muestra de 200 ml.

A.- Extracción de agua desde un grifo (incluye aguas subterráneas que se muestrean mediante grifo o manguera)
1. Observar el tipo de canilla y conexiones (grifería) en busca de fugas o fisuras que puedan alterar la recolección de la muestra. Eliminar filtros o mangueras de goma de la boca del grifo. Abrir el grifo y dejar correr el agua abundantemente, de forma de eliminar el agua de las tuberías. 
2. Cerrar el grifo. Flambear con un hisopo o mechero la boca del grifo si es metálico, si es de plástico sanitizar con alcohol 70% y dejar secar.
3. Dejar correr nuevamente el agua antes de extraer la muestra, para eliminar el residuo de Alcohol.
4. Disminuir el flujo de corriente para controlar el volumen de muestreo.
5. Sacar la tapa del envase estéril y tomar la muestra sin enjuagar el frasco. No llenar el envase totalmente (dejar 2 cm libres en el espacio superior). Evitar la contaminación de la tapa y del cuello y boca del envase. Previo al muestreo los envases deben contener 0,1 mL de solución de Tiosulfato de sodio 3%, estéril, para frascos de 120 mL de muestra.
6. Tapar el frasco inmediatamente.

B.- Extracción de agua desde un manantial natural:
1- Evitar realizar la extracción de agua dentro de las 24 horas posteriores a lluvias en el lugar.
2- Procurar tomar la muestra lo más cerca posible del punto donde emerge el agua. 
3- Abrir el envase, tomar la muestra y cerrar el envase inmediatamente.

C.- Extracción de aguas superficiales (incluye aguas de río, tajamares, lagunas):
Es aconsejable que la muestra sea extraída desde un bote o puente cerca de zonas críticas para el estudio. La profundidad a la que se debe realizar el muestreo se establece en la solicitud del cliente o en el contrato, y se procede como se describe a continuación, según se trate de la opción 1 o 2 (cuando no haya requerimientos específicos se procede según la opción 1).

Precauciones generales:
"Cuando se utiliza una embarcación, de ser posible, tomar las muestras cerca de la proa. Tener la precaución de apagar los motores y esperar que la embarcación se oriente según la corriente y viento antes de tomar la muestra. 
"Recolectar las muestras de agua antes de tomar muestras de sedimentos, cuando ambos se obtienen en el mismo sitio.
"Es importante recolectar las muestras de aguas superficiales desde aguas abajo hacia aguas arriba.

Opción 1: muestreo superficial (30 cm de la superficie)
i-Colocar el frasco estéril en el soporte metálico o realizar la extracción a mano contracorriente, aproximadamente a 30 cm de profundidad. Evitar recolectar la muestra barriendo la superficie del agua.
ii-Sumergir rápidamente el frasco destapado, derecho, a los efectos de no muestrear agua superficial. No llenar el envase totalmente (dejar 2 cm libres en el espacio superior).
iii-Levantar el soporte, tapar el frasco.

Opción 2: muestreo a mayor profundidad 
i-Sumergir la botella de muestreo hasta la profundidad establecida en el Plan de Muestra y extraerla muestra.
ii-Previamente a usar la sonda para extraer muestra de otra profundidad, enjuagar el contenedor de la botella de muestreo con agua estéril.

D. - Extracción de aguas subterráneas:
Si la muestra es extraída desde un pozo que dispone de canilla o manguera proceder según A.
En caso de no contar con canilla o manguera:
i-Sumergir la botella de muestreo hasta la profundidad establecida.
ii-Previamente a usar la botella para extraer muestra de otro pozo, enjuagar el contenedor de la botella con agua estéril.

Acondicionamiento e identificación de la muestra:
1. La muestra debe ser correctamente etiquetada con las especificaciones siguientes, hora de muestreo, fecha, lugar de muestreo y tipo de muestreo realizado según las categorías anteriormente mencionadas. 
2. Debe ser envuelta con una bolsa da nylon transparente (sin uso) que permita la transferencia de frío y que evite el contacto directo de la muestra con la heladera.
3. Poner la cantidad suficiente de refrigerantes en la conservadora de manera tal que la muestra, llegue al laboratorio con una temperatura menor a 5 ºC, dentro de las 12 h de extraída la muestra.

Especificaciones generales:
Refrigerantes: Hielo (el cual debe estar en bolsa de nylon para evitar que al derretirse exista la posibilidad de mezclarse con la muestra) o gel pack abundante, que sea capaz de cubrir la muestra en la mayor área del frasco.
Frasco estéril: Si el frasco se adquiere en una farmacia, ya en condiciones de esterilidad, agregarle el tiosulfato estéril para el caso (A), Si la muestra es un agua que no contenga residuos de cloro (agua de río, riego, efluentes, agua de pozo sin potabilizar), no hay que adicionarle la solución de tiosulfato.

MUESTREO DE AGUA PARA ANALISIS FISICOS – QUIMICOS
La forma de procedimiento de extracción es la misma que la detallada anteriormente para analisis microbiológicos, con la diferencia que se puede utilizar cualquier frasco previamente lavado (no necesario esterilidad) y la cantidad necesaria es de 2 litros aproximadamente.

FUENTE: LABORATORIO TECNOLOGICO DEL URUGUAY (LATU)